Thành phố có bề dày lịch sử khai phá hơn 300 năm,[3] trong khi vị trí hiện nay của Rạch Giá từng là cảng thị sầm uất của quốc gia Phù Nam thuộc nền văn hóa Óc Eo tồn tại từ thế kỷ II đến thế kỷ VII, phân định từ di chỉ Nền Chùa (Takev) được khai quật năm 1944 của nhà khảo cổ học người Pháp Louis Malleret.[4]

Giai đoạn thế kỷ XVII - giữa thế kỷ XIX

Địa danh Rạch Giá được nhắc đến lần đầu tiên trong chính sử Việt Nam là ở cuốn Gia Định thành thông chí của Trịnh Hoài Đức, trong đó có đoạn

" Hà Tiên vốn là đất cũ của Chân Lạp, tục gọi là Mường Khảm, tiếng Tàu gọi là Phương Thành.Ban đầu có người tên là Mạc Cửu gốc xã Lê Quách, huyện Hải Khang, phủ Lôi Châu, tỉnh Quảng Đông, vào thời Đại Thanh, niên hiệu Khang Hy thứ 19 (1680), nhà Minh mất hẳn (nhưng mãi đến năm Khang Hy thứ 19, vùng Quảng Đông mới bình định xong). Mạc Cửu không khuất phục chính sách buổi đầu của nhà Đại Thanh, mới chừa tóc rồi chạy qua phương Nam, trú tại phủ Nam Vang nước Cao Miên. Ông thấy ở phủ Sài Mạt của nước ấy, người Việt, người Trung Hoa, Cao Miên, Đồ Bà (Chà Và) các nước tụ tập mở trường đánh bạc để lấy xâu, gọi là thuế hoa chi, bèn thầu mua thuế ấy, lại còn đào được một hầm bạc nên bỗng trở thành giàu có. Từ đó ông chiêu mộ dân Việt Nam lưu tán ở các xứ Phú Quốc, Lũng Kỳ (hay Trũng Kè, Lũng Cả -réam), Cần Bột (Cần Vọt - Kampôt), Hương Úc (Vũng Thơm - Kompong Som), Giá Khê (Rạch Giá), Cà Mau lập thành bảy xã thôn[5]."

Theo sách Hỏi đáp lịch sử Việt Nam (tập 3) thì "Năm 1680, Mạc Cửu đã lập ấp rải rác từ Vũng Thơm, Trủng Kè, Cần Vọt, Rạch Giá, Cà Mau [6]". Như vậy địa danh Rạch Giá đã xuất hiện ít nhất từ cuối thế kỉ 17.

Năm 1739, Mạc Thiên Tứ lập ra huyện Kiên Giang, đặt trấn lỵ tại đây. Trong Đại Nam nhất thống chí, mục “Thành Trì” có ghi: “Huyện não (đồn canh của huyện) Kiên Giang mặt trước dài 19 trượng 2 thước, bề ngang dài 12 trượng 6 thước, ở địa phận xã Vân Tập, vào năm Thiệu Trị nguyên niên (1841). Chợ Sái Phu, ở huyện Kiên Giang, tục danh là chợ Rạch Giá, phố xá liền lạc, ghe buôn đến đậu đông đảo.[7]”.

Từ vùng đất rộng người thưa, Rạch Giá là nơi cộng cư của người Việt, Hoa và Khmer, nhưng chiếm đa số là người Việt và Khmer. Trước đời Gia Long, dân chúng đã chọn lựa vài gò cao ven các sông rạch để cư trú. Từ làng chài nhỏ ven cửa sông, Rạch Giá dần phồn thịnh hơn nhờ buôn bán lúa gạo và thương mại sung túc. Vào TK XVII, tức thời chúa Nguyễn ở Đàng Trong, vùng Rạch Giá nay là một trong 7 đơn vị hành chính thuộc Trấn Hà Tiên xưa.

Thời Pháp thuộc

Sau khi chiếm được Vĩnh Long và Hà Tiên, năm 1867, Pháp bắt đầu tiến đến Rạch Giá. Ngày 18 tháng 8 năm 1867, Pháp đặt hạt thanh tra Rạch Giá do đổi tên từ hạt thanh tra Kiên Giang. Ngày 16 tháng 6 năm 1869, Nguyễn Trung Trực khởi nghĩa ở đây, giết gần như toàn bộ quân lính và viên chức người Pháp.

Ngày 5 tháng 6 năm 1871, Pháp tách vùng Cà Mau ra khỏi Rạch Giá. Ngày 18 tháng 12 năm 1871, Pháp lại nhập Cà Mau vào Rạch Giá. Từ ngày 5 tháng 1 năm 1876, đổi hạt thanh tra thành hạt tham biện, các thôn thành các làng. Ngày 12 tháng 8 năm 1888, hạt tham biện Rạch Giá bị giải thể, nhập vào hạt Long Xuyên. Ngày 27 tháng 12 năm 1892, Pháp tái lập hạt Rạch Giá với 4 tổng.

Ngày 26 tháng 1 năm 1894, chính quyền thực dân Pháp hợp nhất 4 làng Vĩnh Lạc, Vĩnh Hòa, Thanh Lương và Vân Tập thành một làng mới lấy tên là làng Vĩnh Thanh Vân, đồng thời vẫn là nơi đặt lỵ sở của hạt tham biện Rạch Giá như trước đó.

Ngày 1 tháng 1 năm 1900, đổi hạt tham biện Rạch Giá thành tỉnh Rạch Giá. Ngày 25 tháng 5 năm 1900, lập tổng Kiên Tường, tổng Thanh Bình. Ngày 31 tháng 12 năm 1907, lập thêm tổng An Ninh và tổng Thanh Biên. Ngày 6 tháng 1 năm 1916, lập thêm tổng Thanh Tuyên, tổng Thanh Yên.

Ngày 18 tháng 12 năm 1929, toàn quyền Đông Dương ra Nghị định thành lập thị xã hỗn hợp Rạch Giá trên cơ sở cải biến khu đô thị Rạch Giá, trụ sở tại làng Vĩnh Thanh Vân dưới quyền một viên Thị trưởng và một Hội đồng thị xã.

Ngày 16 tháng 1 năm 1930, Pháp chia địa bàn thị xã Rạch Giá thành 5 khu vực để đánh thuế. Ngày 30 tháng 4 năm 1934, Pháp nâng thị xã lên thành phố và chia thành 3 khu phố.

Giai đoạn 1956-1976

Ngày 22 tháng 10 năm 1956, Tổng thống Việt Nam Cộng hòa Ngô Đình Diệm ký Sắc lệnh 143/VN để "thay đổi địa giới và tên Đô thành Sài Gòn – Chợ Lớn cùng các tỉnh và tỉnh lỵ tại Việt Nam". Địa giới và địa danh các tỉnh ở miền Nam thay đổi nhiều, một số tỉnh mới được thành lập. Theo Sắc lệnh này, địa phận Việt Nam Cộng hòa gồm Đô thành Sài Gòn và 22 tỉnh. Lúc này, tỉnh Hà Tiên bị bãi bỏ và 4 quận là Châu Thành, Hòn Chông, Giang Thành, Phú Quốc được sáp nhập vào tỉnh Rạch Giá để thành lập tỉnh Kiên Giang. Tỉnh lỵ tỉnh Kiên Giang đặt tại Rạch Giá và vẫn giữ nguyên tên là "Rạch Giá", về mặt hành chánh thuộc xã Vĩnh Thanh Vân thuộc quận Kiên Thành.

Bản đồ hành chính Việt Nam Cộng Hòa năm 1972 (theo CIA) Rạch Giá là một trong 10 đô thị tự trị của Việt Nam Cộng hòa lúc bấy giờ.

Sau năm 1956, thị xã Rạch Giá bị giải thể, sáp nhập vào địa bàn xã Vĩnh Thanh Vân thuộc quận Kiên Thành của tỉnh Kiên Giang.

Ngày 20 tháng 11 năm 1970, chính quyền Việt Nam Cộng hòa tái lập thị xã Rạch Giá, là thị xã tự trị trực thuộc chính quyền Trung ương Việt Nam Cộng hòa, đồng thời kiêm tỉnh lỵ tỉnh Kiên Giang. Thị xã Rạch Giá được tái lập trên cơ sở các xã Vĩnh Thanh Vân và An Hòa cùng thuộc quận Kiên Thành trước đó. Từ đó cho đến năm 1975, thị xã Rạch Giá và tỉnh Kiên Giang là hai đơn vị hành chính cấp tỉnh ngang bằng nhau theo sự phân chia sắp xếp hành chính của Việt Nam Cộng hòa.

Ngày 07 tháng 06 năm 1971, thị xã Rạch Giá có 6 khu phố trực thuộc là: Vĩnh Thanh Vân, Vĩnh Thanh, Vĩnh Lạc, Vĩnh Hiệp, An Hoà, Phó Cơ Điều.

Tuy nhiên, chính quyền Mặt trận dân tộc giải phóng miền Nam Việt Nam (sau này là Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam) và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa vẫn giữ nguyên tên gọi tỉnh Rạch Giá; đồng thời duy trì thị xã Rạch Giá trực thuộc tỉnh Rạch Giá từ năm 1956 cho đến năm 1976.

Sau ngày 30 tháng 4 năm 1975, chính quyền quân quản Cộng hòa miền Nam Việt Nam ban đầu vẫn duy trì tỉnh Rạch Giá như trước đó cho đến đầu năm 1976. Lúc này thị xã Rạch Giá vẫn giữ vai trò là tỉnh lỵ tỉnh Rạch Giá.

Từ năm 1976 đến nay

Tháng 2 năm 1976, Chính phủ Việt Nam quyết định tái lập tỉnh Kiên Giang. Tỉnh lỵ là thị xã Rạch Giá, đơn vị hành chính cấp huyện trực thuộc tỉnh Kiên Giang.

Thị xã Rạch Giá lúc này gồm có 5 phường: An Hòa, Vĩnh Hiệp, Vĩnh Lạc, Vĩnh Thanh, Vĩnh Thanh Vân.

Ngày 27 tháng 9 năm 1983, Hội đồng Bộ trưởng ban hành Quyết định số 107-HĐBT[8] về việc phân vạch địa giới một số xã, phường của huyện Châu Thành và thị xã Rạch Giá thuộc tỉnh Kiên Giang như sau:

• Tách xã Phi Thông của huyện Châu Thành để sáp nhập vào thị xã Rạch Giá cùng tỉnh.
• Chia phường Vĩnh Thanh Vân thành 2 phường lấy tên là phường Vĩnh Thanh Vân và phường Vĩnh Hòa.
• Chia phường Vĩnh Lạc thành 3 phường lấy tên là phường Vĩnh Lạc, phường Vĩnh Bảo và phường An Lạc.
• Chia phường An Hoà thành phường An Bình và xã An Hòa.
• Chia phường Vĩnh Thanh thành phường Vĩnh Thanh và các xã Vĩnh Trung, xã Vĩnh Quang.
• Chia phường Vĩnh Hiệp thành 2 xã lấy tên là xã Vĩnh Thông và xã Vĩnh Hiệp.

Ngày 25 tháng 4 năm 1988, thành lập thêm phường Rạch Sỏi trên cơ sở thị trấn Rạch Sỏi của huyện Châu Thành; giải thể phường An Lạc và 2 xã Vĩnh Quang và Vĩnh Trung để thành lập phường Nguyễn Trung Trực; chuyển 3 xã An Hòa, Vĩnh Hiệp, Vĩnh Thông thành 3 phường có tên tương ứng.

Ngày 31 tháng 5 năm 1991, sáp nhập phường An Bình vào phường An Hòa; sáp nhập phường Vĩnh Bảo vào phường Vĩnh Lạc; sáp nhập phường Vĩnh Hòa vào phường Nguyễn Trung Trực; sáp nhập phường Vĩnh Thông vào phường Vĩnh Hiệp. Thị xã Rạch Giá còn 7 phường.

Khách sạn Sealight nhìn từ khu du lịch Bãi Dương

Ngày 24 tháng 4 năm 1993, sáp nhập phường Nguyễn Trung Trực vào phường Vĩnh Thanh. Thị xã Rạch Giá lúc này gồm có 6 phường: An Hòa, Rạch Sỏi, Vĩnh Hiệp, Vĩnh Lạc, Vĩnh Thanh, Vĩnh Thanh Vân và xã Phi Thông.

Ngày 18 tháng 3 năm 1997, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 23-CP[9] về việc thành lập phường Vĩnh Thông thuộc thị xã Rạch Giá trên cơ sở 1.518,56 ha diện tích tự nhiên và 7.151 nhân khẩu của xã Phi Thông.

Ngày 14 tháng 11 năm 2001, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 84/2001/NĐ-CP[10] về việc thành lập các xã, phường thuộc thị xã Rạch Giá, tỉnh Kiên Giang như sau:

• Thành lập phường Vĩnh Quang thuộc thị xã Rạch Giá trên cơ sở 1.064,8 ha diện tích tự nhiên và 18.449 nhân khẩu của phường Vĩnh Thanh.
• Thành lập phường Vĩnh Lợi thuộc thị xã Rạch Giá trên cơ sở 398,4 ha diện tích tự nhiên và 7.659 nhân khẩu của phường Rạch Sỏi.

Ngày 11 tháng 2 năm 2003, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 10/2003/NĐ-CP[11] về việc thành lập phường Vĩnh Bảo thuộc thị xã Rạch Giá trên cơ sở 77,38 ha diện tích tự nhiên và 17.789 nhân khẩu của phường Vĩnh Lạc.

Ngày 8 tháng 1 năm 2004, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 11/2004/NĐ-CP[12] về việc thành lập phường An Bình thuộc thị xã Rạch Giá trên cơ sở 479,75 ha diện tích tự nhiên và 13.794 nhân khẩu của phường An Hòa.

Tháng 10 năm 2004, thị xã Rạch Giá được công nhận là đô thị loại 3. Cuối năm 2004, thị xã Rạch Giá có 11 phường: An Bình, An Hòa, Rạch Sỏi, Vĩnh Bảo, Vĩnh Hiệp, Vĩnh Lạc, Vĩnh Lợi, Vĩnh Quang, Vĩnh Thanh, Vĩnh Thanh Vân, Vĩnh Thông và xã Phi Thông.

Ngày 26 tháng 7 năm 2005, Chính phủ Việt Nam ban hành Nghị định số 97/2005/NĐ-CP[13] về việc thành lập thành phố Rạch Giá thuộc tỉnh Kiên Giang trên cơ sở toàn bộ diện tích tự nhiên, dân số của thị xã Rạch Giá.

Thành phố Rạch Giá có 9775,42 ha diện tích tự nhiên và 205.660 nhân khẩu, gồm 12 đơn vị hành chính trực thuộc là các phường: Vĩnh Thanh Vân, Vĩnh Thanh, Vĩnh Lạc, Vĩnh Bảo, Vĩnh Lợi, Vĩnh Quang, An Hòa, An Bình, Rạch Sỏi, Vĩnh Thông, Vĩnh Hiệp và xã Phi Thông.

Ngày 18 tháng 2 năm 2014, Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 268/QĐ-TTg[14] về việc công nhận thành phố Rạch Giá là đô thị loại 2 trực thuộc tỉnh Kiên Giang.